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中国科学院沈阳应用生态研究所学科定位为以陆地生态系统为研究对象，以现代生态学为主攻学科，主要开展宏观生态学、系统生态学、实验生态学，生物工程与生物技术等领域的研究。沈阳生态所正式进入中国科学院知识创新工程试点，确立了森林生态与林业生态工程、土壤生态与农业生态工程、污染生态与环境生态工程三大领域的学科布局。建所以来，围绕国家农业、林业可持续发展、生态与环境建设中急需解决的重大问题和应用生态学的发展需要，沈阳生态所在森林生态与林业生态工程、土壤生态与农业生态工程、污染生态与环境生态工程领域开展基础性、战略性和前瞻性研究，丰富和发展森林生态学、农田生态学和污染生态学的基础理论，为我国主要退化生态系统恢复与重建，改善生态与环境，保障食物安全提供科学依据与关键技术。